到了公元前大约6世纪时，印度河文明进入了百家争鸣时代，学术思想非常活跃。大体分两大阵营，即以《吠陀》为宗的正统思想，和与之对立的沙门思潮、佛教、耆那教等等。他们的学术思想在印度流传数千载，形成了多种学术流派，瑜伽的实践和理论也随之而发展、流传至今。

沙门思潮的代表人物“六师”，他们都从事各种言行和瑜伽的修炼，而又都是同一派｛或教派或学派｝的宗师。比如，六师中的尼乾子·若提子，号称“大雄”，是耆（qí ）那教的创立者。“大雄”在创教之前曾用了12年的时间集中精力从事瑜伽实践，因此耆那教的经典中对瑜伽支给于极大的重视。根据自身的瑜伽实践，大雄认为宇宙的本体是他称之为实体的存在，它具有“德”和“式”两个方面，“德”是永恒的，而“式”是可变的。至于人的生命，他认为其本质在于人的灵魂。灵魂的本性是无限清净和圆满的；而人的肉体是由业组成的。由于“业”的障碍，灵魂失去了它清净的光辉而受到束缚。常人的灵魂都是受束缚的灵魂，必须通过特定的修持，才能一方面制止新业流入灵魂，同时又消灭灵魂中的旧业，使之升华而成为解脱的灵魂。他是永恒的，可以脱离肉体而获“无限智慧”、“无限信念”、“无限力量”和“无尽愉悦”四种至善。而解脱的道路就是耆那三宝：正智、正信和正行。

正行又包括戒和行，行又分外行｛节食、体式、静坐｝，内行的要旨就是按照耆那教义和戒律控制自己的心意活动，舍弃心中烦恼，而达于静定。这就是耆那教徒的瑜伽实践。耆那教在印度从大雄创教起一直流传至今，于印度文化有相当影响。

沙门思潮和佛教的兴起，促进了婆罗门思潮的发展，逐渐形成不同的流派。主要有数论、弥曼差、吠檀多、胜论、正理论等学派。这里作为吠陀的直接继承者是弥曼差派和吠檀多派。有趣的是他们对于瑜伽的态度截然不同。弥曼差以《梵书》为宗，特别讲究祭祀、祈祷的仪式，他们是把仪式当做人的自然化来看待的，是原始自然的崇拜者。在原始自然信仰的背后隐含着对自然界、对人和对“天人关系”的整体性的认识。

吠檀多派所宗的是《奥义书》。吠檀多派的基本经典是《梵经》。《梵经》认为梵是世界的质料因，世界的一切都是梵演化而成的，故“从一块泥土可以知世界”：

梵是世界的动力因，是世界的创造者；
梵又是世界万物的形相因，世界的多样性以梵为形相；
梵还是世界的目的因，梵显现世界目的在于游戏，因此现实世界是虚幻的。

显然，吠檀多学派为了婆罗门教学的需要，把自然人格化了，把自然本体的梵，变成了有目的的造物主。至于梵和人的生命的关系，吠檀多学派的内部有种种说法。不一不异论者认为，梵我之间有着部分和整体、蕴涵和被蕴涵的关系，因而既同一又不同一，就好比浪与海一样；不二论者认为，梵是最真实、最高级的本体，是最高我，是超越时间与空间的，不可见、不可闻、不可触、不可思议的一种绝对的精神实体，作为最高我，和“自我”是同一的。然而，无论是不一不异论，还是不二论，吠檀多派都把人的肉体的生命看作是虚假的，是“业”的显现。只有亲征梵我，皈依于最高“我”，才能从业报轮回中解脱出来而获得永生。实现这种解脱的的唯一途径则是瑜伽实践。因此，吠檀多学派对于瑜伽实践十分重视。其经典著作《梵经》的第三章，标题为《实现》，而所述全是修炼瑜伽的具体方法，如坐姿、禅定等等。总之，吠檀多派以彻底神化了的梵本体论，把古老的瑜伽和原始巫术区分开来，一定程度上否定了婆罗门的仪式的本身，但同时又给瑜伽装上了一个完全不属于它自身的梵天的脑袋。

但另一方面，瑜伽本身也因此得到了充分的发展，并系统化。如果说《奥义书》的梵我同一论为瑜伽由术而学的升华提供了本体论和方法论基础。到了史诗时期，瑜伽就逐步地演化开来了。史诗《摩诃婆罗多》里的《薄伽梵歌》就把瑜伽的修持分为三种，即行瑜伽｛实践的瑜伽、知识瑜伽（数论）和信念瑜伽｝。